Si je me rappel bien, le moment ou on parle de la synchro des cellules de Jenova avec celle de Zack c'est tout à la fin du jeu devant le boss final. Et si je me rappel bien, Genesis parle de la synchro des cellules de Jenova pour nous dire qu'en fait c'est comme dans LOVELESS, ou les trois heros se retrouvent (comme dans l'histoire du bouquin) car Genesis voit en Zack le courage et l'esprit d'Angeal et une partie de Sephiroth en partie à cause des cellules de Jenova qu'il possède comme lui. C'est pour ça qu'il évoque la réunion des trois amis en un même lieu comme le veut l'histoire de LOVELESS.

Sinon il semblerait aussi que Zack soit (avec Cloud mais lui bien plus tard) le seul à avoir survécu à une expérience lié aux cellules de Jenova à part Sephiroth sans avoir de "mauvaises influences" comme Angeal ou Genesis (les ailes entre autres).

Sinon Zack est bel est bien mort, c'est d'ailleurs pour cela que l'on voit son esprit aux cotés de celui d'Aerith à la fin de FFVII AC, ça nous montre bien qu'il est retourner à la Rivière de la Vie avec elle.