Mais le président de la Shinra est mort depuis longtemps à ce moment du jeu...

À propos de l'épisode en question, je l'ai toujours compris de la façon suivante sans le moindre doute (sur la base de la traduction d'origine) : Tseng ou ses acolytes ont été envoyés chez Marlène, où ils sont en position de force pour exercer leur menace. Comme l'équipe plie, ils ne la mettent pas à exécution et se retirent.

Oui, Rufus meurt à la fin du CD1. Quand le Tiny Bronco s'envole et que les soldats Shinra essaient de nous shooter, une balle perdue lui traverse le crâne.
Pour minimiser cette mort, il est demandé à Tseng de se faire un trou dans le bide, juste après. Pendant ce temps, Hojo travaille sur un clone de Rufus, que l'on ne revoit qu'à partir du Labyrinthe Tornade. Ce dernier comprend au même moment que Cloud qu'il n'est lui aussi qu'un clone d'Hojo. Il décide alors de ne pas abattre l'équipe mais d'emmener gentiment tout le monde avec lui.
Comme il y a besoin de place dans la prison, il laisse partir Marlène, qui, sans Buggy, met jusqu'à la fin du jeu pour traverser la région de Junon et atteindre Kalm.
Pour ce faire, sans avoir à être confrontée au Zolom dans le marais, elle capture un Chocobo et l'élève jusqu'à obtenir un Chocobo d'or. Une fois à Kalm, elle le refile à un vieux papi de là-bas.

Mais tout ça, c'est tout de suite plus clair avec la retraduction !

10 secondes après être allés récupérer la Clé de pierre au Gold Saucer en hélicoptère ? xD

Ce qui est surtout étonnant, c'est que Barret dit à Elmyra de partir de Midgar avec Marlène, et il confirme à la sortie de Midgar qu'elle va s'y atteler. Donc beaucoup plus tard dans le jeu, il est étonnant que la Shinra l'ait retrouvée.
Après, c'est sûr, Cait Sith est un espion donc a accès à ces informations...