Zack est né à Gongaga et décida de quitter sa ville natale pour devenir membre du SOLDAT, tout comme Sephiroth à l'époque. Il se rendit donc à Midgar pour s'engager dans l'armée de la Shinra et rencontra Aéris, de qui il tomba amoureux. Un an après leur rencontre, Zack fut convoqué par la Shinra pour une importante mission au réacteur du Mont Nibel. Il rencontra Sephiroth ainsi que Clad qui faisait partie de la milice de la Shinra. Clad prit exemple sur Zack qui avait réussi à rejoindre l'armée contrairement à lui, et ils furent tous les deux spectateurs de la folie de Sephiroth. Les deux furent blessés lors de l'épisode du réacteur et Hojo les récupéra pour s'en servir comme spécimens, de la même façon que les défunts de Nibelheim, futurs hommes à cape noire. Zack réussit à s'échapper et emmena Clad, mal en point, avec lui. Il lui fit part de ses ambitions consistant à devenir mercenaire pour ne plus dépendre de la Shinra, tout en gagnant de l'argent. Mais la Shinra retrouva les deux hommes et tua Zack, à quelques mètres de Midgar.

Jénova est une entité extra-terrestre ayant atterri sur la Planète, 2000 ans avant le début du jeu, en formant le Cratère Nord. La blessure qu'elle causa à la Planète fut le tout premier élément perturbateur du jeu, car c'est à ce moment précis que les Cetras décidèrent de soigner la blessure et la rencontrèrent. Jénova se servit de son principal pouvoir, celui de prendre l'apparence et la voix de quiconque, pour les tromper. Elle infligea à la plupart un virus qui les changea en monstres et les obligea à s'entre-tuer. Jénova est certainement l'un des personnages les plus importants du jeu car il est responsable de tout ce qui arrive, puisqu'il prend lui-même l'apparence de Sephiroth du début du jeu jusqu'au Labyrinthe Tornade afin d'acheminer la Matéria Noire au vrai Sephiroth. Elle contrôle les hommes à cape noire pour les amener à participer à la Réunion, moment où toutes ses cellules seraient enfin réunies dans un seul et même lieu.

Marlène est une jeune fille née de Dayne, mineur de Corel, et de sa femme Eléonore. Quatre ans avant le début du jeu, alors que Marlène venait à peine de naître, l'incendie que la Shinra déclencha à Corel tua la plupart des habitants et en particulier sa mère. Barret revint au village et trouva le nourrisson, vivant, qu'il emporta avec lui comme l'aurait voulu son meilleur ami, Dayne. Barret s'occupa donc de Marlène comme un père durant les quatre années qui précédent le jeu sans lui révéler la vérité à propos de l'incident de Corel, dans lequel avaient péri ses "deux" parents biologiques. Marlène grandit aux côtés de Tifa, dans le bar du Septième ciel, jusqu'à ce que la Shinra décide d'anéantir le Secteur 7, au début de l'aventure. Aéris, chargée de la placer en lieu sûr, l'emmena alors chez sa mère adoptive : Elmyra, qui s'en occupera jusqu'à la fin du jeu. Marlène est un personnage clé de l'histoire, étant donné qu'elle représente pour Barret, le leader d'Avalanche, son unique raison de lutter pour sauver la Planète.