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Tout ce qui suit dévoile certains moments-clés de l'intrigue du jeu, attention aux spoilers.
L'histoire de Final Fantasy VII se déroule sur la Planète. Quand un être vivant meurt, son corps et son âme se décomposent et retournent à la Planète. Les esprits qui retournent sur celle-ci fusionnent les uns avec les autres et errent sur la Planète : ils vagabondent, convergent et se divisent, formant une sorte de vague que l'on appelle la Rivière de la vie. Autrement dit, il s'agit du cheminement de l'énergie des âmes errant sur la Planète. L'Energie spirituelle est un flux qui traverse la Planète et rend toutes choses possibles : les arbres, les oiseaux et les êtres humains, notamment. Cette énergie permet également aux planètes d'être des planètes. Les enfants reçoivent la bénédiction de l'Energie spirituelle avant de venir au monde et se transforment en Energie spirituelle à leur mort. Si cette énergie venait à disparaître, ce serait la fin de la vie sous la forme que nous connaissons. Lorsque cette énergie est extraite avec force et mise en forme, elle ne peut accomplir sa véritable destinée. Chaque jour, les réacteurs Mako absorbent et épuisent l'Energie spirituelle : ainsi, par abus de langage, cette énergie est rebaptisée énergie Mako par de nombreuses personnes. La Shinra détruit donc cette énergie dans ses réacteurs afin de la transformer en électricité. En d'autres termes, les réacteurs Mako ne sont bons qu'à détruire la Planète, d'où la création du groupe écologique Avalanche.
D'un autre côté, la condensation de l'énergie Mako à l'état naturel produit une matière appelée plus communément Matéria. La connaissance et la sagesse des Anciens, les premiers habitants de la Planète, sont contenues dans les matérias. Quiconque possède cette connaissance peut facilement utiliser les pouvoirs de la Terre et de la Planète. Cette connaissance interagit entre l'homme et la Planète en faisant appel à la magie, qui devient alors maîtrisable. En effet, la Planète dont nous parlons appartenait donc autrefois aux Cetras (appelés plus tard Anciens) : ils étaient capables de communiquer avec elle. La vie des Anciens était un voyage perpétuel, un voyage pour planter des arbres et des fleurs, élever des animaux et produire de l'énergie Mako. Leur but était donc de donner à la Planète tout ce qu'il lui fallait pour survivre : ils ont poursuivi ces durs objectifs tout au long de leur vie. À la fin de leur long et pénible voyage, ils devaient trouver leur lieu de sépulture, la Terre Promise, ainsi que le bonheur suprême. Mais certains désapprouvaient ce voyage : ils stoppèrent leur migration, construisirent des abris et choisirent de mener une vie plus facile. C'est pourquoi la Planète ne leur offrit point la Terre Promise.
Deux mille ans avant le début du jeu, une catastrophe venue des cieux s'abattit sur cette Planète, plus précisément au Nord, ce qui forma le Cratère Nord. Les Cetras entendirent le cri de la Planète et des milliers d'entre eux se rapprochèrent du Pôle Nordal pour tenter de soigner la blessure (avec la gravité de la blessure, la Planète a pu se soigner seule grâce à l'Energie spirituelle, mais au bout de nombreuses années). En constatant l'immense blessure, les Cetras découragés se préparaient à se séparer de la Planète, lorsque ce qu'ils appellent la Calamité des cieux leur apparut. Cette créature avait le pouvoir de prendre n'importe quelle apparence (« La capacité de modifier l'aspect, la voix et les paroles de quelqu'un, c'est là le pouvoir de Jénova. »). Elle prit alors l'apparence de Cetras, leur rappelant leurs parents défunts et des souvenirs du passé. Elle s'approcha d'eux avec des manières amicales, les trompa, et leur transmit un virus qui les transforma en monstres, les obligeant à s'entre-tuer. À cette époque, la Planète créa l'Arme, un monstre surpuissant censé la protéger en détruisant toute forme de vie, amassant ainsi une forte quantité d'Energie spirituelle. Seulement, il ne dut pas intervenir car les survivants rassemblèrent leurs forces et parvinrent à enfermer la Calamité sous terre. L'Arme, ne pouvant disparaître, se refugia au centre de la Planète, en attendant une nouvelle crise pour ressurgir. Suite à ce désastre, les Cetras continuèrent à vivre sédentairement et se multiplier : c'est de là que vient la race humaine.
Passons à présent trente ans avant le début du jeu. La Shinra est un conglomérat géant qui produit de l'électricité grâce à l'énergie Mako. Monsieur Shinra est à la tête de cette industrie et espère dominer le monde à l'aide de la Mako tandis que le professeur Gast, scientifique renommé de la Shinra, s'intéresse fortement aux Anciens. Il avait l'habitude également de se rendre au Canyon Cosmo pour discuter avec quelques amis : c'est d'ailleurs lui qui a financé le laboratoire de Bugenhagen. Au cours d'une de ses recherches dans une strate géologique, il découvrit un organisme datant de 2000 ans qui semblait mort : il en déduisit donc que c'était un Cetra. Le professeur Gast baptisa cet organisme Jénova. Le Président Shinra demanda au professeur Gast de continuer à étudier ce spécimen, qui pourrait les mener à la Terre Promise, une terre abondamment riche en Mako. Gast, pensant que le spécimen était un Cetra, décida d'élaborer le Projet Jénova. Ce projet consistait à injecter des cellules de Jénova dans le corps d'êtres humains, pour leur transmettre la connaissance et la sagesse des Anciens. Il se retira donc dans un petit village construit à cet effet, Nibelheim, pour mettre en marche le projet, accompagné par deux scientifiques, Lucrécia et le Professeur Hojo, ainsi que d'un Turk (organisation spéciale de la Shinra), Vincent. Les expériences s'avérant bonnes, la Shinra décida d'injecter, en plus de la Mako, des cellules de Jénova à leurs soldats pour les rendre encore plus forts. Pendant le déroulement du projet, Vincent tomba follement amoureux de Lucrécia : il lui avoua son amour mais celui-ci n'était pas réciproque. Elle le repoussa alors pour se jeter dans les bras d'Hojo.
Ils fondèrent une relation amoureuse et, peu après, Lucrécia tomba enceinte d'Hojo. Avec l'accord de Gast, il voulut tenter une ultime expérience : injecter des cellules de Jénova dans le fœtus afin de créer un être plus puissant que les autres. La pauvre Lucrécia se vit obligée d'accepter l'expérience ne pouvant la refuser à son mari. Vincent, complètement révolté, s'y opposa fortement car il trouvait horrible de réaliser de telles expériences sur des enfants. Il ne put rien faire et l'expérience sur Lucrécia eut finalement lieu. Une fois né, l'enfant de Lucrécia et Hojo fut appelé Sephiroth. Hélas, Lucrécia ne survécut pas très longtemps et mourut peu après l'accouchement. Vincent, horrifié, rejeta la faute sur Hojo et ses expériences. Suite à leur dispute au Château Shinra, Hojo s'empara d'un revolver et tua Vincent d'une balle dans le ventre. Après la mort du jeune homme, Hojo réalisa quelques nouvelles expériences sur son corps et fit de lui une sorte de vampire, capable de se transformer en différentes sortes de monstres. Pour une raison non précisée dans le jeu, son bras gauche fut remplacé par un bras en fer, la balle ayant peut-être affecté le bras. Peu après, Vincent se réveilla et découvrit ce que Hojo avait fait de lui. Démuni et pensant être seul responsable de la mort de sa bien-aimée, Lucrécia, il se rendit dans la salle adjacente et s'enferma dans un cercueil pour tout oublier et expier ses péchés. Il est à préciser que, pendant plusieurs années, le Projet Jénova fut continué par Hojo dans les cuves du Réacteur de Nibel.
Vingt-quatre ans avant le début du jeu, le Professeur Gast fit la rencontre d'une femme nommée Ifalna, qui s'avérait être la seule survivante des Cetras. Elle lui raconta en détail l'histoire des Cetras et de l'apparition de la Calamité des cieux. Gast, horrifié, comprit que Jénova ne faisait pas partie des Anciens. Il quitta alors la Shinra sans prévenir personne et se rendit au Canyon Cosmo pour parler à de vieux amis. Il dévoila le secret à Bugah l'aîné et s'apitoya sur lui-même en se disant qu'il avait fait quelque chose de terrible. Il fuit la Shinra avec Ifalna et s'isola dans un petit village du continent Nord, le Village Glaçon. Il réalisa quelques vidéos dans lesquelles il posait plusieurs questions à sa femme, pour en apprendre plus sur la Planète et sur les Cetras. Peu de temps après, Ifalna tomba enceinte du professeur Gast et ces deux derniers décidèrent d'appeler leur enfant Aéris. Une vingtaine de jours après la naissance de leur fille, Hojo arriva au Village Glaçon et découvrit le repaire de Gast. Il n'hésita pas à le tuer pour avoir quitté la Shinra et voulut emmener Ifalna et Aéris avec lui, qui lui serviraient alors beaucoup pour la suite de ses recherches sur les Anciens, Hojo n'ayant jamais véritablement abandonné le Projet Jénova.
Quinze ans avant le début du jeu, une femme appelée Elmyra Gainsborough se rendit à la gare du Secteur 5 de Midgar pour y accueillir son mari, qui était autrefois parti pour la grande guerre d'Utai. Elle ne retrouva pas son mari parmi les passagers qui descendaient du train et fondit en larmes, désespérée. Une lueur d'espoir la fit revenir régulièrement sur le quai de la gare. Par ailleurs, Ifalna et sa fille, Aéris, arrivèrent à s'échapper du laboratoire d'Hojo. Elles quittèrent le Bâtiment Shinra et tentèrent de fuir hors de Midgar. Mais, à bout de forces, Ifalna était sur le point de mourir et s'effondra, près d'Aéris, sur le quai du Secteur 5. Elmyra qui passait par là découvrit la femme mourante et s'en approcha. Ifalna, juste avant de mourir, supplia celle-ci d'emmener Aéris dans un lieu en sécurité. La jeune femme se sentant seule depuis l'absence de son mari accepta donc cette demande. Aéris expliqua ce qu'il s'était passé à sa nouvelle mère qui eut du mal à croire qu'elle était la dernière des Cetras : c'est alors qu'Aéris communiqua avec la Planète et avoua à Elmyra que son mari venait de mourir. Quelques jours plus tard, Elmyra reçut un avis annonçant la mort de son mari et comprit la véritable importance d'Aéris. Les Turks finirent par retrouver Aéris mais celle-ci nia le fait qu'elle fasse partie des Anciens et cacha ses dons, comme celui qui lui permettait de communiquer avec la Planète.
Sept ans avant le début du jeu, la Shinra dominait toujours le monde grâce à ses réacteurs Mako. Sephiroth, jeune homme d'une vingtaine d'années ne connaissant pas ses parents, faisait déjà partie du SOLDAT, l'armée de la Shinra, et sa force surhumaine ainsi que ses performances à la guerre d'Utai firent de lui un être légendaire. À 14 ans, Clad, un jeune garçon de Nibelheim, en a entendu parler et rêve de devenir aussi fort que lui. Il invita une amie, Tifa, (qui est en fait sa voisine et dont il est amoureux), lors d'une soirée étoilée sur le puits du village et lui apprit qu'il partait pour Midgar afin de devenir un grand mercenaire comme Sephiroth. Il promit également à Tifa d'être toujours là quand elle aurait besoin de lui et quitta le village en espérant, un jour, pouvoir impressionner Tifa pour ce qu'il est devenu. On ouvre une première parenthèse pour parler de Zack. Sephiroth était également un modèle pour ce jeune adolescent puisque, dix ans avant le début du jeu, il décida de quitter sa ville natale, Gongaga, pour tenter d'entrer en première classe du SOLDAT. Il se rendit donc à Midgar pour commencer. Là-bas, il réussit à entrer dans le SOLDAT et, quatre ans plus tard (soit six ans avant le début du jeu), il rencontra Aéris qui vivait toujours chez Elmyra, à Midgar. Ils tombèrent amoureux et devinrent petits amis même si leur amour ne dura pas plus d'un an. En effet, Zack dut abandonner Aéris pour se rendre en expédition au village de Nibelheim, avec son idole, Sephiroth, où il devait régler un problème au réacteur Mako.
Cinq ans avant le début du jeu, la Shinra envoya donc deux membres du SOLDAT à Nibelheim pour qu'ils vérifient le réacteur du Mont Nibel. Parmi ces deux membres, on retrouvait le grand Sephiroth et Zack. Ces deux valeureux guerriers étaient accompagnés par deux gardes de la Shinra (bleus), dont l'un était Clad. Clad n'avait donc pas réussi à rentrer dans le SOLDAT, son niveau étant trop faible. L'expédition ayant lieu dans sa ville natale, il cachera son identité à Tifa, son amie d'enfance, pour qu'elle n'ait pas honte de lui. Arrivé au village, Sephiroth, sachant que Clad était né ici, lui demanda ce qu'il ressentait. De son côté, il expliqua qu'il ne connaissait pas sa ville natale et prétendait que Jénova, dont lui avait parlé le professeur Gast, était sa mère. Il ne s'éternisa pas sur l'identité de son père (qui est en fait Hojo). Le jour de l'expédition, Clad apprit que les membres du SOLDAT seraient accompagnés d'un guide, Tifa. Il paniqua alors et décida de continuer à se cacher sous son uniforme pour ne pas qu'elle le reconnaisse. Zack et Sephiroth pénétrèrent dans le réacteur et arrivèrent dans la salle des cuves. Sephiroth s'aperçut que les tuyaux partant des cuves allaient jusqu'à la pièce nommée Jénova. En regardant l'une des cuves, il fut stupéfait en constatant qu'Hojo n'avait pas abandonné ses recherches et qu'il injectait de l'énergie Mako et des cellules de Jénova à des êtres humains (ce qui leur donne l'allure de monstres). Voyant cette horrible chose, il crut alors qu'il avait été créé de la même façon, et que c'était pour cela que Gast lui disait que sa mère était Jénova. Furieux, il fuit alors le réacteur pour rejoindre le manoir de Nibelheim, où il s'enferma pendant quelques temps.
Dans la bibliothèque du sous-sol, il prit connaissance des rapports des professeurs Gast et Hojo. Il apprit alors l'histoire de la Planète et des Anciens. Hélas, il tomba également sur de faux rapports, qui avaient été écrits avant que Gast n'apprenne la vérité sur Jénova. Ces rapports stipulent que Jénova faisait partie des Anciens et Sephiroth en déduisit qu'il avait été créé à partir des cellules de Jénova (ce qui est manifestement faux, vu que sa mère est Lucrécia). Incontrôlable, il quitta le manoir et incendia le village de Nibelheim. Zack sortit du manoir et découvrit la catastrophe : il aida Zangan, un villageois, à sauver le maximum de gens. Malheureusement, la mère de Clad et beaucoup d'autres ne purent s'en sortir. Déçu de Sephiroth qu'il considérait comme son idole, Zack décida de partir à sa recherche au réacteur de Nibel, dans l'espoir de l'arrêter. Clad, haineux, fit de même : Sephiroth avait détruit sa famille, ses amis et sa ville natale. Quand Zack arriva au réacteur, il découvrit Tifa, pleurant sur le cadavre de son père : Sephiroth venait de le tuer. Elle s'empara alors de la Masamune posée près du corps et rejoignit Sephiroth en haut de l'escalier, pour le tuer. Il la repoussa très facilement et la blessa avec la Masamune. Zack suivit Sephiroth dans la salle de Jénova et se fit repousser violemment, lui aussi. Clad arriva alors à son tour dans le réacteur et constata les dégâts. Il plaça Tifa en lieu sûr et se rendit ensuite dans la salle de Jénova, muni pour la première fois de l'Epée broyante de Zack, histoire d'en finir avec son nouveau rival.
Sephiroth tenta de délivrer sa mère avec qui il voulait régner sur Terre, croyant que c'était un Ancien. Clad s'approcha et le blessa avec l'épée de Zack, qu'il avait ramassée auparavant. Il retourna dans la salle des cuves et s'occupa de Tifa à qui il avait promis d'être toujours là deux ans plus tôt. Sephiroth essaya de s'enfuir avec la tête de sa "Mère" : on ne sait pas bien pourquoi il l'a décapitée, mais sûrement pour l'emmener avec lui dans un moment de folie ou pour arrêter le Projet Jénova. Suite à la demande de Zack (« Clad, tue Sephiroth »), Clad suivit Sephiroth et l'arrêta. Sephiroth planta alors sa Masamune dans le ventre du jeune garçon, mais par une force incroyable (probablement la haine), il se débattit et envoya Sephiroth dans le Mako : on peut donc considérer que Sephiroth mourut ce jour-là. Son corps suivit la Rivière de la vie qui l'emporta au centre de la Planète. Zangan ressentant lui aussi une colère envers Sephiroth, il se rendit au réacteur du Mont Nibel, dans l'espoir de le tuer. Lorsqu'il arriva, il découvrit le carnage et emporta Tifa avec lui pour la ramener au village. Peu de temps après, il quitta Nibelheim pour se rendre à Midgar, désespéré de ce qui était arrivé à sa ville. Hojo arriva quelques temps plus tard et découvrit Zack et Clad inconscients. Il les amena dans le manoir de Nibelheim, fit quelques expériences sur leurs corps (injection de cellules de Jénova) et les enferma dans des cuves à Mako. Ils restèrent quatre à cinq ans enfermés. Le village, sous les ordres d'Hojo, fut rénové par la Shinra et des membres de la Shinra furent placés dans les nouvelles habitations, au cas où quelqu'un arriverait dans ce village, un jour; toutes les traces de l'incident disparurent alors.
Nous ouvrons une petite parenthèse pour parler de ce qui s'est passé quatre ans avant le début du jeu. À cette époque-là, Corel était une ville minière : on y exploitait le charbon. C'était une ville poussiéreuse, calme et pauvre, une vraie petite ville et les habitants rêvaient tous d'une vie agréable. Puis, tout à coup, les troupes de la Shinra arrivèrent (dont Scarlet). Parmi les habitants, on trouvait deux hommes, deux amis qui se connaissaient depuis longtemps. Ils étaient tous les deux mineurs, dans une mine de charbon non loin de Corel (à l'emplacement actuel du réacteur Mako du Mont Corel). L'un d'eux s'appelait Barret Wallace et vivait avec sa femme, Minna. Quant à l'autre, il s'appelait Dayne et vivait avec sa femme Eléonore et leur fille Marlène. La Shinra voulait stopper l'exploitation du charbon et remplacer la mine par un réacteur Mako. Dayne était le seul à s'opposer au projet : il ne voulait pas gaspiller le charbon que les anciens habitants de Corel avaient protégé jusque là, en risquant leur vie. Le chef du village expliqua alors à Dayne que le réacteur leur assurerait une vie plus facile. Sur ces mots, les habitants, dont Barret, s'impliquèrent dans la construction du réacteur. Un jour, il y eut une explosion au niveau du réacteur et la Shinra attribua la responsabilité de l'accident au peuple en déclarant qu'il était le fait d'une faction rebelle. Ce jour-là, Dayne et Barret étaient absents et rentraient du réacteur où ils travaillaient. De loin, ils aperçurent Corel disparaissant sous les flammes. La Shinra avait, en réalité, incendié la ville.
Scarlet et des gardes de la Shinra arrivèrent et tuèrent le chef du village, qui était venu prévenir Dayne et Barret. Ces deux derniers furent retrouvés par la Shinra. Les deux hommes tentaient d'éviter les balles et Dayne faillit tomber dans une crevasse. Barret le retenait par la main lorsque les tirs de la Shinra traversèrent leurs mains, liées. Dayne tomba dans la crevasse et Barret put finalement s'échapper. Il retourna au village et trouva Marlène, la fille de Dayne, qu'il emporta avec lui. Il fuit et se fit opérer de la main droite et entendit dire par le chirurgien qu'un autre homme avait subi la même opération pour le bras gauche : c'était Dayne. Désormais, Barret, tout comme Clad auparavant, avait perdu sa famille et sa ville natale. Tout était de la faute de la Shinra : il devait se venger. Pour éradiquer les réacteurs Mako qui ont causé sa perte, il décida de rejoindre un groupe d'écologistes nommé Avalanche. Sur la continuité de ce sujet, on peut également parler de l'histoire de Gongaga qui était un village bien paisible, tout comme Corel. La Shinra disait aux habitants qu'ils seraient heureux après la construction d'un réacteur Mako et les villageois acceptèrent le projet. La Shinra construisit le réacteur, sans même penser à la sécurité du village et, trois ans avant le début du jeu, il explosa. Beaucoup de villageois moururent à la suite de l'explosion, mais les parents de Zack survécurent. Les survivants votèrent ensuite pour que l'utilisation de la Mako soit abandonnée, pour pouvoir continuer à vivre en harmonie avec la nature.
Retournons à Nibelheim, quelques temps avant le début du jeu. Un jour, un assistant d'Hojo vint ouvrir les cuves de Clad et Zack pour les nourrir : à peine avait-il ouvert la cuve de Zack que ce dernier le frappa et l'assomma. Zack délivra Clad, qui était bien mal en point. Les deux s'enfuirent à bord d'un camion, qui avait pour destination la grande métropole de Midgar. À bord du camion, Clad n'allait toujours pas mieux, il était complètement déboussolé. Zack lui fit part de ses ambitions : il voulait devenir mercenaire dès qu'ils auraient atteint Midgar. Il proposa à Clad de le devenir aussi : ils seraient ainsi liés comme de vrais amis. Une fois arrivés, ils descendirent du camion. Zack marchait en direction de Midgar, trainant le pauvre Clad derrière lui quand, soudain, une horde de gardes Shinra survint derrière eux. Ils abattirent le brave Zack à l'aide de leurs mitraillettes mais laissèrent Clad en vie, ce dernier paraissant quasiment mort. Quand ils furent partis, Clad rampa jusqu'à son ami Zack. Sa haine avait encore augmenté : maintenant qu'il avait tué Sephiroth, c'était la Shinra qu'il devait faire payer. Il ramassa l'Epée broyante de Zack et continua sa route vers Midgar, où il comptait faire retentir sa vengeance. Malgré tout, sa mémoire avait été assez endommagée : il garda son prénom d'origine mais s'imagina ex-SOLDAT et compagnon de Sephiroth. Il avait en fait usurpé l'identité de Zack.
Nous passons donc à la partie du scénario la plus longue, celle du jeu. Bien sûr, nous n'allons pas vous raconter tout le jeu, car si vous lisez ceci, vous devez quand même l'avoir fini (mais pas forcément compris). Nous ne nous éterniserons que sur les petits détails qui restent ambigus afin que tout le monde puisse comprendre la vraie histoire. Clad arrive donc à Midgar, avec l'esprit brouillé, croyant qu'il a fait partie du SOLDAT et qu'il était un ancien ami de Sephiroth. Le même jour, Tifa passe par la gare du Secteur 7 et découvre Clad, qu'elle connaissait de son passé à Nibelheim. Elle l'emmène avec elle dans son bar, le Septième ciel, et décide de l'engager au sein d'Avalanche, le groupe d'écologistes formé au Canyon Cosmo. Barret est le chef de ce groupe tandis que Biggs, Jesse et Wedge sont des membres secondaires, bien qu'importants. Vous pouvez également remarquer que Barret et Tifa ont élevé Marlène (la fille de Dayne) durant quatre longues années, mais Marlène ne sait pas que Barret n'est pas son vrai père, ce dernier ne lui ayant jamais dit la vérité sur la disparition de Corel. Le but d'Avalanche est de détruire le maximum de réacteurs Mako construits par la Shinra, afin d'assurer la survie de la Planète : on peut aussi comprendre cette haine de Barret envers les réacteurs Mako, notamment à cause de la destruction de son village natal par les troupes Shinra.
Le premier élément perturbateur intervient dans le Bâtiment Shinra : c'est à partir de là que va commencer la série d'évènements qui chambouleront votre vision du jeu et établiront des mensonges qui, normalement, s'élucident au fur et à mesure que vous progressez dans l'histoire. Vous savez que Sephiroth a été tué par Clad, cinq ans auparavant, et que ce dernier a rejoint le centre de la Planète : eh bien il n'en bougera pas jusqu'à la fin du jeu. Comme il l'est expliqué au début de cette partie, Jénova a le pouvoir de prendre l'apparence et la voix de n'importe qui. C'est donc elle que l'on poursuit du début à la fin, c'est elle qui s'évade du Bâtiment Shinra, qui tue le Président Shinra, qui tue Aéris etc. L'idée de Jénova est de remettre la Matéria noire à Sephiroth afin qu'il invoque le Météore, pour atteindre son but final : détruire la Planète. Pour invoquer le Météore, il faut de grands pouvoirs spirituels, Sephiroth est donc l'être idéal pour cela et Jénova le sait. Elle sait également que la Matéria noire n'est autre que le Temple des Anciens et qu'elle ne pourra pas s'en emparer toute seule. Ainsi, elle mise énormément sur Clad : les cellules de Jénova présentes dans son corps créent un lien avec Jénova, ainsi, elle ressent tout ce qu'il ressent. Sachant qu'il a été déboussolé par l'évènement survenu cinq ans avant le jeu et qu'il ne sait plus très bien qui il est, elle se servira de cette faiblesse pour lui faire commettre le pire, c'est-à-dire lui faire remettre la matéria de destruction finale au vrai Sephiroth, un peu plus loin dans l'aventure.
Elle va d'abord fuir le Bâtiment Shinra en le libérant et en laissant sa cellule ouverte. En vérité, elle trace le chemin de Clad à Sephiroth, du début jusqu'à la fin. Pour l'embrouiller, elle se servira particulièrement d'un argument : le fait qu'il se prenne pour Zack. Elle va lui démontrer que Zack était à sa place et, par conséquent, que lui n'était pas là (ce qui est entièrement faux). Clad va se souvenir peu à peu de Zack et certains détails le feront douter sur lui-même, comme sa présumée entrée dans le SOLDAT, qui n'a jamais eu lieu. Ces doutes s'accentuant énormément avec le flash-back au Labyrinthe Tornade (où Jénova lui montrera la photo), Clad va être déstabilisé et croira qu'il est l'un des sbires de Sephiroth. Nous ouvrons une parenthèse pour parler des hommes à cape noire. Qui sont-ils ? En fait, ce sont tout simplement les habitants de Nibelheim qui sont morts, cinq ans avant, dans l'incendie, et qui ont été modifiés par Hojo (cellules de Jénova et autres modifications). Ces spécimens étaient censés devenir des clones de Sephiroth, ce dernier étant mort à l'époque mais, comme toujours, l'expérience de Hojo rata. Ils devinrent alors des sbires de Sephiroth guidés par Jénova, prêts à tout pour lui acheminer la Matéria noire. La Réunion dont ils parlent tous est le terme de leur voyage, le moment où la Matéria noire lui parviendrait et où ils seraient là pour célébrer l'évènement.
Revenons au Labyrinthe Tornade : Clad, démuni, croit être l'un de ces hommes à cape noire, un clone raté de Sephiroth, qui aurait pour but de lui amener la Matéria noire. Il écoute alors la parole de Jénova et se décide à accomplir son devoir. Le contrat de Jénova se clôt donc à ce moment même, où Clad perd confiance en lui. Lorsqu'il arrive au centre de la Planète et qu'il aperçoit Hojo, il lui apprend (enfin il croit) qu'il est une de ses expériences. Il lui demande alors un numéro, symbolique pour lui, pensant être le seul clone qui n'a pas failli à sa mission. Hojo, ne voulant pas mentir volontairement, le croit : c'est pour cette raison qu'il le traite d'expérience ratée, sans vouloir pour autant le tromper. Clad finit donc par donner la Matéria noire au vrai Sephiroth, celui qui est capable d'invoquer le Météore. Une nouvelle crise menace donc la Planète et, comme à chaque crise, les Armes doivent intervenir. Cinq Armes sortent alors du cratère, même s'il n'y a pas d'explications sur le fait que quatre autres soient apparues : Dernière arme, Arme de saphir, de diamant, d'émeraude et de rubis. Une fois le Météore invoqué, Sephiroth crée une barrière magique autour du Cratère Nord, destinée à le protéger quand le cataclysme affectera la Planète. La Shinra s'empresse de détruire cette barrière à l'aide du canon à Mako, qui tuera par ailleurs deux des Armes (Saphir et Diamant), et prévoit de désintégrer le Météore grâce à la même énergie. Cependant, la Shinra sera finalement réduite à néant par le groupe : le seul survivant semble être Reeve.
Reeve est justement l'un des membres les plus intéressants, car il est tiraillé entre deux groupes rivaux : Avalanche et la Shinra. Effectivement, il contrôle, à distance, la peluche sur laquelle se trouve Cait Sith : le chat, qui lui est bel et bien vivant. Cait Sith est en quelque sorte le complice de Reeve et lui transmet des informations concernant Avalanche. Après sa trahison à la fin du disque 1, Cait Sith va se sacrifier pour permettre l'obtention de la Matéria noire à l'équipe. Un second Cait Sith arrivera juste ensuite mais, cette fois-ci, il sera autonome bien qu'il puisse encore communiquer avec Reeve. Peu à peu, Reeve se détachera de la Shinra et coopérera avec Avalanche par l'intermédiaire de Cait Sith. Quant à Palmer, il ne semble pas non plus être mort vu qu'on le revoit au cours du disque 2, mais est l'un des membres de la Shinra dont on entendra le moins parler puisqu'il ne fut responsable que du Projet spatial. Il n'y a pas réellement d'indications qui nous laissent entendre à quel moment ce projet s'est déroulé mais, étant donné l'âge de Cid qui en fut le protagoniste (32 ans), environ dix ans avant le début du jeu si ce n'est moins. Le projet échoua à cause de l'annulation du lancement, dû à la présence de Shera dans un compartiment de la fusée. Cid lui sauva alors la vie, abandonnant son rêve qui était de partir dans l'espace intersidéral, et la Shinra changea d'orientation. Cependant, cette faute sera pardonnée au cours du jeu, lorsqu'il découvrira que le réservoir n°8 fonctionnait réellement mal, et que Shera n'avait pas tort.
Malgré le fait que la fusée ait percuté le Météore, celui-ci reste tout de même une menace pour la Planète. En effet, le Météore est l'élément central du scénario et l'emblème du jeu avec la Matéria blanche. Nous allons donc, pour conclure, expliquer la fin du jeu que certains pourraient ne pas comprendre. Sephiroth meurt définitivement des mains de Clad, et libère son Energie spirituelle : ainsi, le Sacre peut désormais appliquer son pouvoir d'auto-défense. La Rivière de la vie s'éveille et par un geste symbolique, la main d'Aéris permet à Clad de rejoindre ses compagnons dans la Grotte Nord. Le Météore étant prêt à percuter la Planète, le Sacre s'éveille et envoie toute son énergie en travers de son chemin pour l'empêcher d'accomplir sa destinée. Toutefois, comme Nanaki le fait remarquer, il est trop tard et le Météore prend l'avantage sur le pouvoir du Sacre, devant les yeux inquiets des spectateurs dont Marlène qui a été emmenée à Kalm, Midgar étant le premier lieu affecté. Un évènement imprévu vient alors perturber son arrivée : la Rivière de la vie. Souvenez-vous, Aéris s'était sacrifiée et laissée tuer par Jénova pour rejoindre la Rivière de la vie et la contrôler : sa mort n'était donc pas vaine. Elle contrôle la Rivière de la vie avec l'aide des autres âmes qui y errent et, ce flux additionné au pouvoir du Sacre crée une barrière destructrice qui arrête la course du Météore et le dissout entièrement. On peut ainsi penser que, dès cet instant, la Shinra et le Météore ayant disparu, la vie de la Planète n'est plus menacée et la tâche d'Avalanche est enfin complétée. D'autres intrigues du scénario, plus floues, sont disponibles dans la partie traitant des Mystères, si cela vous intéresse.
